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第1章 序列比对工具BLAST和ClustalX1

1.1 BLAST搜索程序1

1.2 本地运行BLAST（Windows系统）13

1.3 多序列比对（ClustalX）17

参考文献24

第2章 真核生物基因结构的预测25

2.1 基因可读框的识别25

2.2 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测26

2.3 基因密码子偏好性计算：CodonW的使用31

2.4 采用mRNA序列预测基因：Spidey的使用33

2.5 ASTD数据库简介35

参考文献39

第3章 电子克隆40

3.1 种子序列的搜索40

3.2 序列拼接43

3.3 在水稻数据库中的电子延伸46

3.4 电子克隆有关事项的讨论49

参考文献50

第4章 分子进化遗传分析工具（MEGA 5）51

4.1 序列数据的获取和比对51

4.2 进化距离的估计56

4.3 分子钟假说的检验58

4.4 系统进化树构建60

参考文献70

第5章 蛋白质结构与功能预测71

5.1 蛋白质信息数据库72

5.2 蛋白质一级结构分析76

5.3 蛋白质二级结构预测85

5.4 蛋白质家族和结构域94

5.5 蛋白质三级结构预测105

5.6 蛋白质结构可视化工具113

参考文献116

第6章 序列模体的识别和解析118

6.1 MEME程序包118

6.2 通过MEME识别DNA或蛋白质序列中模体119

6.3 通过MAST搜索序列中的已知模体122

6.4 通过GLAM2识别有空位的模体123

6.5 通过GLAM2SCAN搜索序列中的已知模体126

6.6 应用TOMTOM与数据库中的已知模体进行比对126

6.7 应用GOMO鉴定模体的功能127

6.8 应用MCAST搜索基因表达调控模块128

6.9 应用MEME-ChIP发现DNA序列模体129

6.10 应用SPAMO推测转录因子的结合位点131

6.11 应用DREME发现短的正则表达模体131

6.12 应用FIMO寻找数据库已知的模体132

6.13 应用CentiMo寻找主要的富集模体133

参考文献134

第7章 蛋白质谱数据分析136

7.1 生物质谱技术的基本原理136

7.2 X!Tandem软件140

7.3 Mascot软件146

7.4 Sequest软件151

7.5 蛋白质组学数据统计分析TPP软件154

参考文献162

第8章 基因芯片数据处理和分析163

8.1 芯片数据的获取和处理163

8.2 芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选168

8.3 GenMAPP芯片数据的可视化173

8.4 通过GEO检索和提交芯片数据177

8.5 应用DAVID工具对芯片数据功能注释和分类179

参考文献186

第9章 GO基因本体和KEGG代谢途径分析187

9.1 Gene Ontology数据库187

9.2 KEGG数据库193

参考文献206

第10章 系统生物学网络结构分析207

10.1 Cytoscape软件简介207

10.2 Cytoscape软件安装208

10.3 Cytoscape基本操作209

10.4 应用BiNGO插件进行基因注释216

10.5 应用BioQuali插件进行基因表达分析218

10.6 应用Agilent Literature Search插件进行文献搜索221

10.7 链接BOND数据库做网络分析223

10.8 应用插件Cytoprophet预测潜在蛋白和结构域的相互作用227

参考文献232

第11章 Bioperl模块数据分析及其安装233

11.1 概述233

11.2 Bioperl重要模块简介和脚本实例234

11.3 Bioperl安装253

参考文献265

第12章 读序列（reads）定位软件Bowtie266

12.1 Bowtie特性266

12.2 Burrows-Wheeler（BW）转换程序266

12.3 不要求精确的比对搜索267

12.4 回溯过量表达268

12.5 阶段搜索269

12.6 Bowtie的输出格式270

参考文献272

第13章 UCSC基因组浏览器273

13.1 基因分类器（Gene sorter）工具273

13.2 基因组浏览器（Genome Browser）276

13.3 蛋白质组浏览器（Proteome Browser）281

13.4 表浏览器（Table Browser）283

参考文献284

第14章 SNVs和Indel识别分析方法及工具285

14.1 Bowtie工具285

14.2 samtools软件包287

14.3 识别单核苷酸多态性（SNP）289

14.4 寻找同义突变和非同义突变291

14.5 发现读框内插入缺失（in-frame indel）294

14.6 发现其他类型的突变295

参考文献296

第15章 小RNA高通量测序数据分析297

15.1 数据分析流程297

15.2 Rfam数据库300

15.3 miRBase数据库303

15.4 应用mfold预测RNA二级结构305

15.5 应用miRAlign搜索miRNA307

15.6 应用TargetScan预测miRNA的靶基因308

参考文献310

第16章 RNA测序（RNA-Seq）分析311

16.1 TopHat的分析流程311

16.2 转录组读序列比对312

16.3 获得基因表达谱及转录物表达谱314

16.4 差异表达基因鉴定及注释317

16.5 SNPs/SNVs及InDels鉴定与注释320

16.6 选择性剪切（alternative splicing）鉴定321

16.7 TopHat应用实例322

参考文献323

第17章 全基因组序列拼接的流程和方法325

17.1 实例数据的获取325

17.2 短读序列数据作图到参考基因组326

17.3 将短读序列数据从头拼接成染色体骨架328

17.4 大规模染色体骨架拼接329

17.5 草图和实验物理图谱间的比较330

参考文献333

英汉对照词汇334

英文索引348

中文索引354